Santa Rosa conserva la mas significativo presenta de bosque seco protegido de Centroamerica. Este bosque se determina por una destacada diferencia entre la epoca lluviosa y la seca, cuando pierde la mayoria del follaje. En el tramo de las costas predomina el Mangle Rojo asi como otras especies de vegetacion de mangle en Costa Rica.
El parque es significativo para la protección y restauración de los hábitats de la región climática denominada Pacífico Seco. Las playas Nancite y Naranjo son de gran hermosura escénica e significativos áreas en el pacífico mesoamericano para el desove de tortugas marinas como la lora y la baula. Por sus características ecológicas, su entrada está restringido. Además, el visitante puede disfrutar de otras playas: Playa Blanquísima, Bahía Santa Elena y Bahía El Hachal, ubicadas en el tramo Murciélago.
Tienen lugar en Santa Rosa unos diez hábitats, entre ellos: bosques decíduos, bosques de encino, bosques siempre verdes, manglares, pantanos, bosques ribereños, bosques achaparrados, vegetación de playa y pastizales o sabanas. Las sabanas están formadas principalmente por el pasto jaragua y por árboles dispersos tales como: el roble encino, el nance, el chumico de palo o raspaguacal, el cornizuelo y el jícaro. Los bosques deciduos contienen unas 240 especies de árboles y arbustos: el guanacaste, árbol nacional; el indio desnudo, el roble de sabana, el chaperno, el jobo, el pochote, el madroño y el guácimo.
En el bosque siempreverde las especies dominantes son el níspero, el encino, el tempisque y el aceituno.
La fauna es abundante y variada. Se han observado 155 especies de mamíferos, más de la mitad son murciélagos; 253 de aves, 100 de anfibios y reptiles, y más de 10.000 de insectos, incluyendo unas 3.140 especies de mariposas diurnas y nocturnas. Entre los mamíferos más superiores encontramos el mono congo, el mono carablanca, el armadillo, el venado, la danta, el pizote, el zaíno, el puma, el jaguar y los mapaches. El ratón semiespinoso es el mamífero más abundante de todos.
Determinadas de las aves más superiores son: la urraca, el perico frentianaranjada, la viuda roja, el soterrey matraquero, el cargahuesos, el pavón, el gavilán cangrejero y el saltarín colilargo.
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